平成２６年４月、南房総市立丸山中学校と南房総市立和田中学校が統合して開校。
校舎は丸山中学校の校舎を使用。
初代校長　　藤本雅俊（平成26年4月1日～平成28年3月31日） 
第二代校長　座間弘之（平成28年4月1日～平成30年3月31日）
第三代校長　三平智子（平成30年4月1日～令和3年3月31日）
平成31年4月　嶺南子ども園、嶺南小学校と共に嶺南学園として開園
第四代校長　遠藤　忠（令和3年4月1日～　　　　　　　　）